| 《计算机学报》文章摘要 全文下载 | |
| 文章题目 | 蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法 |
| 作者 | 雷秀娟 田建芳 |
| 作者单位 | (陕西师范大学计算机科学学院 西安 710062) |
| 发表年份 | 2012 |
| 发表月份 | 1期(134—145) |
| 文章摘要 | 摘要 蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构、功能及识别蛋白质的功能模块的重要方法.很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳.功能流模拟算法是一种新型聚类算法，但该算法没有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值，带有主观性.文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理的信息流聚类模型与算法.该方法中，数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心，将蜂群算法的蜜源位置对应于其聚类中心，蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度，采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网络综合特征值的降序排列，作为侦察蜂的搜索邻域.采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价，并对算法的一些关键参数进行仿真、对比与分析.结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点，且其正确率和查全率的几何平均值最高，能够有效地识别蛋白质功能模块. 关键词 信息流；蜂群算法；聚类；蛋白质相互作用网络 中图法分类号 TP301 DOI号: 10.3724/SP.J.1016.2012.00134 |