| 《计算机学报》文章摘要 全文下载 | |
| 文章题目 | DNA计算中核酸序列设计方法比较研究 |
| 作者 | 张凯1) 耿修堂2) 肖建华3) 赵东明1) |
| 作者单位 | 1)(北京大学信息科学技术学院 北京 100871) 2)(中国兵器工业集团公司 陕西咸阳 712099) 3)(南开大学现代物流研究中心 天津 300071) |
| 发表年份 | 2008 |
| 发表月份 | 12期(2149—2154) |
| 文章摘要 | 摘要 DNA计算是将现实问题进行编码，映射到DNA分子上，然后通过分子生物实验产生出代表问题解的DNA分子，最后通过检测技术提取出该DNA分子.高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误，并使检测阶段易于提取出代表问题解的DNA分子.文中对基于汉明距离和基于自由能的DNA核酸编码方法进行研究，分析了两类方法的约束条件对DNA编码质量的影响，比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量，进一步分析了两类方法编码DNA序列的效率.通过分析和比较得到，两类DNA计算编码方法都能有效地限制DNA分子间的非特异性杂交，其中基于汉明距离的DNA编码方法的计算量比较小，但是它仅能近似地估计DNA分子间杂交的热力学稳定性，不能完全替代最小自由能的编码方法.在满足DNA计算试验精度要求的条件下，采用基于汉明距离的DNA编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的DNA序列，还能有效地减少计算量，从而提高DNA序列设计的效率. 关键词 DNA计算；自由能；汉明距离；DNA序列设计 |