《计算机学报》文章摘要   全文下载
文章题目	人类基因PolyA位点预测
作者	廖堃 段江波 周艳红
作者单位	(华中科技大学生物信息与分子成像湖北省重点实验室 武汉 430074)
发表年份	2008
发表月份	6期(927—933)
文章摘要	摘要 mRNA 3’端的多聚腺苷酸化是真核细胞内mRNA转录后处理的三个最主要步骤之一.对DNA序列上发生多聚腺苷酸化的位置即PolyA位点的识别，对于理解mRNA的形成机制以及进行基因结构预测具有重要作用.本研究利用机器学习方法对PolyA位点进行预测，其实现过程分为以下三个步骤：特征的生成、特征的筛选、特征的综合分析聚类.首先，我们采取统计k阶核苷酸频率的方法来生成初始的特征；然后，通过信息学知识来对特征进行筛选；最后，使用SVM(Support Vector Machines，支持向量机)的方法进行特征的综合分析，确定参数，建立预测模型.在独立的测试数据集上进行测试，当敏感度(Sn)固定为60%时，在内含子水平和外显子水平上的特异性(Sp)分别为71.67%和80.77%，在内含子水平上的预测精度明显优于国际上的同类软件. 关键词：PolyA信号；机器学习；熵；支持向量机