| 《计算机学报》文章摘要 全文下载 | |
| 文章题目 | PHGA-COFFEE：多序列比对问题的并行混合遗传算法求解 |
| 作者 | 刘立芳 霍红卫 王宝树 |
| 作者单位 | (西安电子科技大学计算机学院 西安 710071) |
| 发表年份 | 2006 |
| 发表月份 | 5期(727—733) |
| 文章摘要 | 摘要 多序列比对是生物信息学研究中的热点问题之一，它在发现序列模体(motif)和保守区域、系统发育分析、结构预测等方面具有重要的作用.针对该问题，设计了一个求解多序列比对问题的并行混合遗传算法(与之相应的软件称为PHGA-COFFEE).该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数，构造了六种遗传算子，特别是设计了两种新颖的变异算子，其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计，以改善算法的整体搜索能力.另一种变异算子基于动态规划方法设计，以增强其局部搜索能力.通过对BAliBASE中144个测试例的测试，证明该算法是有效的.与已有的算法相比，该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.同时通过对算法并行化，其运行时间显著缩短. 关键词 生物信息学；多序列比对；并行混合遗传算法；动态规划 中图法分类号 TP18 |